上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出广的动物活性氧，比如抗淋巴肿瘤和抵抗毒功能。一般说来，三萜是凭借甲羟戊酸路线分解的，并从非人工花草和念珠菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研小作文。该科研察觉三萜类氧化物虫草酸（GA）是根据药液训练的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学的高技术转变成带来的。按照转录组和淀粉酶质组学的高技术更进一步一个脚印生命的进化无柄虫草粉菌丝体中DHT带来五种虫草粉酸（GA）的机制化，并据几组学的高技术检则到的差别的人类基因和差别的淀粉酶，推算DHT 生态学的高技术炼制 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能表种类

能够对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共得到了67230个转录本和142915个单dna。在许多单dna中，494个被签别为之间的关系把你想形容出来方式dna（DEGs），至少213个把你想形容出来方式调涨，279个把你想形容出来方式再降（图1A）。GO丰度剖析后，DEGs以分成生物体进程（BP）、组织含量（CC）和团伙功能表（MF）3类。在BP行业类型中，出显了前这三大子行业类型：四环素拆解分解率进程，乙酸盐分解率进程和甲酸盐分解率进程;而在CC行业类型中，组织外区、突触符合体、突触型式是前这三大亚类。面对MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）生物、腐蚀重现酶生物和酸氨（或酰胺）接酶生物是前这三大亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG通道剖析中，前30条丰度度最低的通道中含27条属分解率，至少丁烷分解率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解率、丙酸盐分解率数据信号通道相关系数丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和职能归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

采用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体完成血清质组学统计资料定量定量深入研究分析一下，总计敲定了16,457种独家肽、2606种血清质和2588种化学发光法血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分条件下，在那2606种血清质中，94种被签别为对比理解出血清（DEPs），另外52种上涨，42种上涨（图2A），图2C展示信息信息了对比理解出血清的聚类统计资料定量定量深入研究分析法统计资料定量定量深入研究分析一下热图。从GO统计资料定量定量深入研究分析一下来了解，BP行业类别展示信息信息，太普遍DEPs参与的乙酸盐分泌转化步骤、抗生素类做出定量深入研究分析分泌转化步骤和中药做出定量深入研究分析分泌转化步骤。CC类DEPs在上皮内部外区、过脱色反应物酶体和微体中占有率最快，脱色反应展现酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的标准最快（图2B）。与转录组导致相近，KEGG通道统计资料定量定量深入研究分析一下展示信息信息，很多DEPs在分泌转化中聚集，另外3条最聚集的行业是光合海洋怪物中的碳固产品定位子、碳分泌转化和MAPK信息通道（图2D）。不但，采用统计资料定量定量深入研究分析一下GO统计资料库的CC对DEPs完成亚上皮内部产品定位统计资料定量定量深入研究分析一下和参考文献标注（图2E），DEPs最主要的是匀称在上皮内部质（40.66%）、上皮内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs海洋怪物获得的最主要的是位子。

图2|营养素质组的一定量讲解和工作检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物流量转化和對照组得票率DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个差异化形容出遗传遗传基因组（图3A）。对转录组和营养素酶质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs开始聚类具体进行分析法具体进行分析，发现mRNA和营养素酶质两者相互间有1五个调涨遗传遗传基因组和五个变动遗传遗传基因组，DEGs和它译文资料的DEPs形容出技术呈正涉及到内容，源于Pearson的涉及到内容常数具体进行分析，在转录组和营养素酶质组两者相互间验测到对于较高的涉及到内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则报告单提示，E组和C组1一DEGs的表述级别差异性强势，在这其中9个为调涨DEGs，多个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述未来趋势与转录混合物析报告单相符。

图3|蛋白酶质组的参考值浅析和系统认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）